化肥污染的主要表现形式为污染土壤和农产品、污染水体、污染大气环境。
污染土壤和农产品：单用化肥会导致土壤结构变差，孔隙度下降。过量使用磷肥，会影响果蔬的形状、着色等，其中的副产品会造成污染。
污染水体：过量使用化肥会使江河、湖泊等水域出现富营养化现象，还会污染地下水。
污染大气环境：硝态氮在土壤中容易还原成二氧化氮，而二氧化氮与气候变暖有一定联系。
一、化肥污染的主要表现形式
1、污染土壤和农产品
（1）对土壤的污染
①使用化肥会影响到土壤的物理性质，单独施用化肥会使土壤的结构变差、容重增加、孔隙度减少。
②施用化肥可能会让土壤中的有机质上升速度减缓，甚至是下降，导致土壤中的部分养分含量相对较低或养分不平衡，这不利于土壤肥力的发展。
③单独施用化肥会减少土壤中的有益微生物数量，甚至是总量。
④部分化肥中含有污染物，过量施用将对土壤产生相应的污染，比如长期使用磷肥会增加土壤中的含氟量，对土壤的酶活性造成影响，从而影响到作物的生长。
⑤氯化铵、硫酸铵等化肥都属于生理酸性肥料，同时它们都属于铵态氮肥。铵盐会先变成亚硝酸盐，亚硝酸盐又会转化成硝酸盐，形成氢离子，导致土壤发生酸化现象，土壤被酸化后会使肥效严重下降，从而使肥料的利用率降低，同时也会让土壤板结的情况变得更加严重。
⑥我国大部分耕地的质量出现退化，对化肥的依赖性越来越强，这主要是大量施用化肥带来的结果。
（2）对农产品的污染
①过量施用氮肥时，虽然会增加禾本科作物的籽粒含氮量及蛋白质含量，但也会导致氨基酸的含量比例发生变化，使其营养品质下降。
②过量施用磷肥时，会对蔬菜、水果中的有机酸、维生素C等成分的含量以及果实大小、着色、形状、香味等方面带来一些不良影响，而且磷肥中含有的副产品还可能会污染农产品。
2、污染水体
（1）部分发达国家为了避免使用化肥对水体造成污染，设置施用化肥的安全上限为255千克/公顷，而我国目前还没有类似的规定，因此部分地区的种植者在施肥时带有非常大的盲目性，施肥量往往会远超上述指标。
（2）由施肥所导致的我国江河、湖泊等水域出现富营养化现象占40%左右，在我国北方地区，地下水的污染（特别是硝酸盐污染）问题很严重，部分地区的地下水的硝酸盐含量超过饮用水标准的5-10倍，基本没有办法作为饮用水。
3、污染大气环境
（1）使用化肥还会对大气环境造成影响，其中比较令人关注的是二氧化碳的排放量以及全球气候变暖的问题，在氧化还原交替的状态下，土壤中的硝态氮容易被还原成二氧化氮。
（2）虽然我国目前还未有人对二氧化氮的排放量与全球气候变暖之间的关系进行很深入、系统的研究，但是从目前已有的研究结果来看，二氧化氮的排放量和氮肥的施用量、温度、土壤水分状况等因素紧密相关，我国氮肥的当季利用率一般只有30-50%，损失的氮素中会有一部分以二氧化氮的形态排入大气中。
二、如何科学储存化肥
通常情况下，化肥储存有三种方式：仓库堆存、货棚堆存和露地堆放。
1、仓库堆存为主
（1）在多雨季节，一般应以仓库堆存为主。库内既要通风降温，又要干燥防雨防潮。肥料在仓库内的储存方式有大堆储存和袋装储存两种方法。
（2）对于吸湿性比较强的氮肥品种如硝酸铵，要采用袋存，防止大堆储存。其他品种的氮肥和磷、钾肥料，大堆储存的时间也不可过长，到了雨季，通常都要求袋装。
（3）包装要用双层袋，内衬塑料袋外包编织袋。无论是大堆散存还是袋装存放，为了防止结块，都要减轻储存压力，控制散堆与包堆的高度，如25-40公斤的大袋存放，以20袋一堆为适中高度。
2、货棚储存
的方式在雨季要格外小心，货棚的地点要选择地势高、干燥、通风的地方，棚顶防雨。
3、露地堆放
在多雨季节，露地堆放是不允许的。即使临时堆放也必须选择地势高、干燥、通风的地方，而且采取加盖苫布防雨等措施。