炭疽病是冬季温室芹菜最常见的病害之一。炭疽病是由炭疽菌引起的，主要在高温、高湿的环境下发生，容易造成芹菜叶片下垂、变黑、死亡等现象。预防炭疽病的方法是加强通风散热，保持温室内的适宜温度和湿度，适当喷洒杀菌剂。
灰斑病是另一种常见病害。灰斑病是由灰斑菌引起的，主要表现为芹菜叶片上出现灰色斑点，随着病情加重，斑点逐渐扩大、融合，最终导致叶片凋萎、死亡。预防灰斑病的方法是加强温室通风，保持适宜的湿度，适时除去病叶，喷洒抗病剂等。
蚜虫是冬季温室芹菜最常见的虫害之一。蚜虫能够在冬季温室中大量繁殖，导致芹菜叶片卷曲、变形、叶片变黄等现象，同时还会传播病毒。预防蚜虫的方法是适时清洗芹菜叶片，加强通风散热，同时也可以喷洒除虫剂。