有机肥料除直接还田的作物秸秆外，一般需要经过堆沤处理，使其充分腐熟之后才能施入土壤，特别是饼肥、鸡粪等高热量有机肥尤其要注意这一点，以防烧苗。
有机肥料是指含有有机物质，既能提供农作物多种无机养分和有机养分，又能培肥改良土壤的一类肥料。其中绝大部分为农家就地取材，自行积制的。
有机肥必须经过堆捂处理，发酵一段时间，通常一个月以上，才可以使用。
一定要腐熟，因为未腐熟的有机肥有虫卵，在施入土壤腐熟会产生较大热量，容易引起烧苗现象，有机无机肥同施作基肥效果更好！
有机肥对土壤结构改善有很大的好处，但必须科学科使用。包括圈肥、畜粪必须通过腐熟后才能施用，否则，会对会对农作物造成毒害，甚至会引起植株死亡。
施有机肥除须经堆沤充分腐熟才能使用外，还应离作物基部外一定间隔(尤其是不能将作物直接移栽在有机肥上)，否则会烧苗而死。
一忌浓肥，二忌热肥（夏季中午土温高，施肥易伤根），三忌坐肥（即栽花时盆底施基肥，不可将根直接放在肥上，而要在肥上加一层土，然后再将花栽入盆中）。此外，施肥前要松土，因为板结的表土会影响肥分渗入土中和根系的吸收。
自家有机肥需完全腐熟后才能施用。
（1）土壤酸碱度以pH值5.5～8.5时肥效最好，酸碱度过低或过高都要调整pH值后再施用，不能与杀菌剂、除草剂、生理酸性肥料、生理碱性肥料同时使用，如不能避免，应间隔48h以上。（2）生物有机肥在使用时，环境温度不能低于5℃或高于40℃，土壤和空气湿度不能低于30%。温度低于5℃或高于40时℃，菌株生长缓慢且效果差。（3）生物有机肥不能与含硫较高的化肥（如硫酸铵、硫酸钾等）料并用，也不能在含硫较高的土壤上施用。（4）肥料应存放在避光、避雨处，打开包装后不要久放，最好一次用完，暂时用不完的要扎紧袋口，以免降低肥效。（5）与化肥混施时，要现配现用，并与土充分拌匀。