本病由半知菌亚门真菌立枯丝核菌引起。以菌丝体或菌核在土中越冬，且可在土中腐生2~3年。菌丝能直接侵人寄主，通过水流、农具、粪肥传播。病菌发育适温17℃~28℃，最高40℃~42℃，最低13℃〜15℃，适宜PH值为3~9.5。播种过密、间苗不及时、温度过高、通风不及时等均易发病。
甜瓜立枯病发病条件：土温11～30℃、土壤湿度20%～60%均有利于立枯丝核菌侵染。高温、连阴雨天多、光照不足、幼苗抗性差易染病。果实与土壤接触，遇有浇水或降雨，即可引起发病。
病菌在土壤中越冬，翌年种植甜瓜后，果实与土壤接触，遇有浇水或降雨，即可引起发病，尤其是久旱，突然遇雨易发病。
病菌以菌丝和菌核在土中或在发病组织上随病残体越冬。翌年以菌丝侵入寄主，形成初次侵染，随病土、带菌肥料和浇水传播，引起再侵染。地温10～28℃均可侵染发病，以16～20℃为最适。土壤过干过湿，砂土地或幼苗徒长、温度不适等均有利于发病。长江流域几乎全年都可发病。