植株地上部分均可受害，以果实和叶片为主。幼苗染病，子叶先端发黄，叶片呈水溃状腐败；幼茎受害初为水渍状溢缩，继变成褐色病斑，常折断。果实发病多从残留的败花和柱头部先被侵染，造成花腐，后向果面和果柄扩展，一般近果蒂、果柄或果脐处先显症。
果实发病多从残留的败花和柱头部先被侵染，造成花腐，后向果面和果柄扩展，一般近果蒂、果柄或果脐处先显症。幼果则全果软腐，果实成熟前病部果皮呈灰白色，水渍状软腐，很快发展成不规则形大斑，果实失水后僵化或湿润软腐。
果实的蒂顶或脐部或果柄被害，果皮开始呈灰白色浸状软腐，后期表现生灰褐色霉层;青果不论大小都可被害，被害果不脱落，以第一穗果被害最重。
症状：幼果染病较重，柱头和花瓣多先被侵染，后向果实转移。果实多从果柄处向果面扩展。致病果皮呈灰白色、软腐，病部长出大量灰绿色霉层，严重时果实脱落，失水后僵化。叶片染病，多从叶尖开始，病斑呈V字形向内扩展，初呈水渍状，浅褐色，有不明显的深浅相间轮纹，潮湿时，病斑表面可产生灰霉，叶片枯死。茎染病，产生水渍状小点，后迅速扩展成长椭圆形，潮湿时，表面生灰褐色霉层，严重时可引起病部以上植株枯死。
果实发病多从残留的败花和柱头部先被侵染，造成花腐，后向果面和果柄扩展，一般近果蒂、果柄或果脐处先显症。幼果则全果软腐，果实成熟前病部果皮呈灰白色，水渍状软腐，很快发展成不规则形大斑，果实失水后僵化或湿润软腐。病果一般不脱落，发病后相互接触感染、扩大蔓延，严重时，导致整穗果实全部腐烂。
西红柿灰霉病对茎、叶、花、果均可危害，但主要危害果实，通常以青果发病较重。茎染病时开始呈水浸状小点，后扩展为长圆形或不规则形，浅褐色，湿度大时病斑表面生有灰色霉层，严重时致病部以上茎叶枯死导致枯萎病。
果实被侵害时，多数先侵染残留的花或柱头、萼片，然后向果实或果柄发展，导致果皮变成灰白色，软腐，病部表面长出灰色霉层，果实间互相传染。