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杂草是旱水稻旱育秧大面积推广的一大障碍。特别是在旱育中苗、大苗、长秧龄大苗的苗床上，由于播种量少，落粒密度低，加之旱地土壤和有机肥中往往草籽量大，杂草极易生长和蔓延。杂草与秧苗争肥、争水、争光、争空间，严重影响秧苗的生长和综合素质。如果苗床封闭灭草效果不理想，只能在本田进行化学除草。
投入大量劳力进行人工清除。
