农业防治可以用甲基托布津进行防治。
在西瓜生长期及时防治蛀果害虫，并在软腐病发病初期根据植保要求喷施针对性药剂如72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液等进行防治，同时配合喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。
选择抗病品种加强田间管理及时防治病虫害。
防治方法。1、早整枝、打权，避免阴雨天或露水未干之前整枝，整枝后及时喷施新高脂膜800倍液形成保护膜，防止气传性病菌侵入；并适时喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化；尤其要注意田间的温度、湿度，及时排除田间积水。2、加强管理，在西瓜开花前、幼果期、果实膨大期喷施壮瓜蒂灵可使瓜蒂增粗，强化营养输送量，增强植株抗逆性，促进瓜体快速发育，使瓜型漂亮，汁多味美，并适时喷施新高脂膜800倍液提高西瓜表面光泽度，提高西瓜的商品价值。
控制水肥，合理密植，改善通风透光条件。
（1）播种或移栽前，或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。（2）和非本科作物轮作，水旱轮作最好。（3）选用抗病品种。（4）高畦栽培，选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度（5）适时早播，早移栽、早间苗、早培土、早施肥，及时中耕培土，培育壮苗。（6）育苗移栽，育苗的营养土要选用无菌土。（7）土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或沟施灭菌杀虫的药土。（8）施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，不用带菌肥料，施用的有机肥不得含有植物病残体等。
（1）播种或移栽前，或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬，促使病残体分解，减少病原和虫原。（2）和非本科作物轮作，水旱轮作最好。（3）选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌。（4）高畦栽培，选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度，这是防病的重要措施。（5）适时早播，早移栽、早间苗、早培土、早施肥，及时中耕培土，培育壮苗。（6）育苗移栽，育苗的营养土要选用无菌土，用前晒三周以上。