晚熟柑橘主要病害有：细菌性病害的黄龙病、溃疡病;病毒及类病毒病害的裂皮病、衰退病、碎叶病、温州蜜柑萎缩病等;柑橘线虫病的根线虫病和根结线虫病;真菌病害的疮痂病、脚腐病、炭疽病、黑斑病、煤烟病、白粉病、灰霉病、膏药病、地衣寄生病、苗期立枯病、苗疫病、黄斑病、拟脂点黄斑病等。
主要的害虫有：螨类的红蜘蛛、四斑黄蜘蛛、锈壁虱、侧多食跗线螨等;同翅目蛤类的矢尖蚧、糠片蚧、褐圆蚧、黑点蚧等;同翅目的黑蚱蝉、蚜虫、黑刺粉虱、柑橘粉虱、双刺姬粉虱等;鞘翅目的星天牛、褐天牛、恶性叶甲、橘潜叶甲、金龟子等;鳞翅目的潜叶蛾、拟小黄卷叶蛾、褐带长卷叶蛾、枯叶夜蛾、枯叶嘴壶夜蛾、鸟嘴壶夜蛾、柑橘凤蝶、玉带凤蝶、柑橘尺蠖等;双翅目的柑橘木虱、大实蝇、小实蝇、花蕾蛆、橘实雷瘿蚊等;瘿刺目的柑橘蓟马;半翅目的长吻蝽和软体动物蜗牛等。