1.套袋影响果实内含物含量，风味不如人意。苹果套袋过多地强调了果实的外观品质，套纸袋后严重妨碍了太阳光射入，从而使套袋苹果的口感变差，果肉硬度降低，糖度下降。2.套袋和摘袋过程需要增加劳动力成本，增加果农成本投入。3.套袋易导致缺钙。4.套袋果实果皮易裂口，果面易灼伤。苹果袋容易遮挡住部分叶片，影响光路，增加低光效冠区，容易引发裂纹病。5.套袋果实上色难，易返青褪色，绝大多数果实均为不健康的红色，并非自然红。6.套袋果实后期易发生萎缩现象，苹果变小；同时也影响苹果产量。
苹果套袋弊端有：增加人工，增加费用，容易掉果。