在发病初期开始喷药保护。药剂可选用20%龙克菌悬浮剂500倍液，或12%绿乳铜乳油500倍液，或77%可杀得悬浮剂1000倍液，或47%加瑞农可湿性粉剂600倍液，或50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或14%络氨铜水剂300倍液，或72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液等，喷雾防治。喷药时应注重植株基部喷施。每隔7~10天喷1次，连用2~3次，具体视病情发展而定。
大葱软腐病防治药剂：大葱软腐病发病初期，喷洒50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或77%氢氧化铜（可杀得）微粒可湿性粉剂500倍液，或72%农用链霉素可湿性粉剂4000倍液，新植霉素5000倍，14%络氨铜水剂300倍液，60％琥·乙磷铝(DTM)可湿性粉剂500倍液，或70%敌克松可湿性粉剂200倍液，也可随水灌根。视病情隔7～10天施药1次，共防治2～3次，可有效控制危害。