小麦多年连作，土壤有机质偏小，加之不利的天气影响；或由于栽种作物的地方培土过高，两侧开沟施肥或除草时，造成根系的损伤；或由于雨水、灌溉时，水量过大，排水不及时；或光照不足，低温高湿，土壤粘性过大，土壤结块，通风不好；还有就是当跟系受到伤害断裂的时候，也是最容易受到病菌侵入的。雨水季节多发根腐病。
小麦叶片发病与气候条件、病菌密度、寄主抗性有非常密切的关系。
土壤带菌和种子菌是苗期发病的初侵染源。当种子萌发后，病菌先侵染芽鞘，后蔓延至幼苗，病部长出的分生孢子，可经风雨传播，进行再侵染，使病情加重。不耐寒或返青后遭受冻害的麦株容易发生根腐，高温多湿有利于地上部分发病，24—28℃C时，叶斑的发生和坏死率迅速上升，在25—30℃时，有利于发生穗枯。重茬地块发病逐年加重。
高温多湿非常利于小麦根腐病的发生。