侵害食用菌的病虫种类很多。对培养料、菌丝体和菇体造成直接侵害的病原菌有真菌、细菌、病毒等100多个种类,能直接侵害食用菌的菌丝和子实体害虫种类达40多种。食用菌病虫害防治应遵循预防为主，治疗为辅的方针，生产中多采用物理防治和农业防治方法，以取得事半功倍的效果，同时也保证了食用菌产品的无公害化。
一、物理防治
1、强化基质灭菌或消毒处理，切实杀死基质内的一切微生物菌体和芽孢。使用的菌袋韧性要强，无微孔，封口要严，装袋时操作要细致，防止破袋而使病菌侵入。
2、规范接种程序，严格无菌操作。菌种生产要按照无菌操作程序进行，以保证生产出的菌种纯度高、活力强。接种时操作人员要穿戴无菌工作服，并确保接种室内的高度无菌程度。
3、安全发菌，防止杂菌、害虫侵入菌袋。菌种或菌袋发菌室应具备恒温条件，温度控制在20～26℃之间，防止温差过大而引起菌袋出现水汽，杂菌入侵而污染。同时遮光培养，减少蚊蝇成虫飞入产卵为害。
二、农业防治
1、换茬、轮作,切断病虫食源。对于发生过严重病害或虫害的栽培房，不应连续种植相同的品种，以防相同的病虫暴发，难以控制。
2、选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种。消除或减少病虫害侵染，确保安全发菌、顺利出菇。
3、保持制种场所环境清洁干燥。如：无污染菌袋、无积水、空气清新、水源干净等。这样空气中杂菌指数低，接种和发菌期间感染的机会也随之降低。
4、在保证正常出菇的条件下，适当降低菇房内的湿度，增加通气量，采菇后及时清除残菇，断根，清除污染菌袋，保持菇房清洁，最大程度地降低病虫滋生条件。