小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用咯菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种，生长过程合理施用氮肥、磷肥、钾肥，提高小麦抗病能力，进入拔节期后可适量使用苯甲·丙环唑乳油。
防治小麦纹枯病可以选择：播前拌种；药剂防治。
一是药剂拌种，二是使用药剂防治，可使用粉锈宁，井冈霉素。
小麦拔节期，亩用有效成分井冈霉素10克，或井冈·蜡芽菌（井冈霉素4%、蜡质芽孢杆菌16亿个/克）26克，或烯唑醇7.5克，或苯甲·丙环唑6－9克、或丙环唑10克。选择上午有露水时施药，适当增加用水量，使药液能流到麦株基部。重病区首次施药后10天左右再防一次。
施用酵素菌沤制的堆肥或增施有机肥，采用配方施肥技术配合施用氮、磷、钾肥。
若早防可以药剂拌种或在苗期及早用药预防，一旦发现病株，请选用目前市场防治效果较好的爱苗或金素青进行治疗。