当一棵花苗长到一定大小，各部器官已经成熟，体内积累了充足的营养物质，整个机体开始由生长阶段转人发育阶段，于是，一部分顶芽和腋芽的形成和分化发生质变。芽体的生长点部位不再分化茎、叶的原始体而向横向扩大，先端变平同时出现多轮多层的小突起，这些小突起就是形成花器的基础，叫作“花原基”，进而发育成花瓣、花萼、雌蕊和雄蕊。这一发育过程叫作花芽分化。
有些花木的每个花芽只分化成一朵花，如扶桑、玉兰、山茶、鹤望兰等，有的可分化出好几朵花，开花后由多花组成不同类型的花序，如唐菖蒲、水仙、一串红、君子兰等。菊花、大丽花等菊科花卉的每个花头不是一朵花，而是由多花组成的头状花序，每一枚花瓣实际上是一朵小花，外轮的大型花瓣是由维蕊变态而成的，叫作舌状花，它们巳失去了生殖能力，只有花心部分的简状小花雌雄蕊俱全，能够结实。
花芽分化需要充足的营养，如果分化初期营养不足，一些顶芽和腋芽就不能分化成花芽，只能形成叶芽，开花数量会大大减少。因此，在花芽分化期应加强肥水管理。