芽枯病是一种生理性病害，除了与品种有关外，直接原因就是高温导致生长点坏死，而这种情况又受两个方面影响。一是温度，二是生长点对高温的耐受程度。越夏茬蔬菜定植后，正值高温干旱天气，光照强度好，棚内温度很难降下来，中午时棚内常出现35至40℃以上的高温，这是芽枯病发生的必备条件。另外，植株徒长和缺硼能够增加植株在遭遇高温时芽枯病发生的概率。有些菜农棚室中土壤盐渍化加重，营养匮乏，而且从来没有底施硼、钙等中微量元素肥料的习惯，再加上浇水不及时，土壤干旱，加剧了硼、钙等的固定，有效性下降，导致根系对硼、钙等中微量元素的吸收受阻，加重了芽枯病的发生概率。
通风降温避免棚内高温的出现
高温是导致芽枯病发生的直接原因，因此温度控制就成了防治该病的首要措施。越夏番茄定植后严格控制棚温不可超过35℃。一旦棚温过高，可覆盖遮阳网或泼洒降温剂或泥浆降温，并拉大前后放风口通风。
调控植株长势提高生长点对高温的耐受力
菜农通过控温、控水、合理整枝打杈的方式调控植株长势，必要时可以用化学药剂控旺。缺硼会加重芽枯病的发生，菜农可叶面喷洒硼砂600倍液，连喷2—3次，预防或缓解病情。另外，植物细胞壁的矿质元素中最重要的是钙。所以，钙硼共同作用能维持细胞壁的稳定性，因此应配合喷施硼肥叶面喷洒含钙的叶面肥，下茬蔬菜种植时可在基肥中加入硼肥和钙肥，可亩施2-3公斤硼肥、25-30公斤硝酸钙。
由于芽枯病易造成裂口，使植株很容易感染细菌性病害，因此喷药时还应加入农用链霉素、叶枯唑等药剂，避免细菌侵染造成茎秆腐烂、幼苗无头。