主要为害果实。果实前期染病，青皮上发生褐色小点，逐渐扩大变成黑褐色，果肉腐烂。病菌可以侵染到果仁部分，最后整果腐烂，干缩脱落。果实后期染病，病斑扩展较慢，由于内果皮硬化，果肉虽然腐烂，但不烂到果仁，也不易脱落，损失较小。也可侵染嫩枝、嫩叶及花，该病盛发期在雨季。
核桃黑腐病的症状：核桃黑腐病又叫黑斑病，主要为害幼果、叶片，也可为害嫩枝。叶片染病病斑多角形，褐色，外围有水渍状晕圈。病叶皱缩、畸形、枯黄早落。幼果染病，果面生褐色小斑点，边缘不明显，后成片变黑深达果肉，致整个核桃及核仁全部变黑或腐烂脱落。