木耳常受虫害侵害，如多菌蚊、黑腹果蝇、螨虫、蛞蝓、跳虫等，不仅危害菌种，降低产品质量，还导致流耳和杂菌侵染。
青霉、木霉，这些菌能在耳木上生长、消耗养分。在代料栽培木耳是一种主要杂菌，影响木耳生长。常见害虫：危害木耳的主要害虫有线虫、蓟马等，这些害虫或咬食耳片，或咬食菌丝，或蛀食耳木，造成危害。此外，还有蛞蝓、小蜘蛛、天牛等危害耳木的害虫。
有螨虫黑腹果蝇跳虫蛞蝓多菌蚊等。
木耳种植过程中常见的病虫害不少，有青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病。虫害的话主要有菇蚊、马陆(千足虫)、蛞蝓(鼻涕虫)、螨类等。
黑木耳生产中常见病虫害有青霉，曲霉，菇蚊，螨类等。
木耳有青霉，根霉，蛞蝓，螨类。
木耳在生产中常见的病虫害有线虫、螨虫、青霉、根霉等。