防治水稻纹枯病，一般掌握在水稻分蘖末期或纹枯病发生初期用药。常用的有：丙环唑、戊唑醇、己唑醇等一些唑类的杀菌剂，或噻呋酰胺、苯醚甲环唑等单剂或复配药剂。
发病初期用丙环唑，戊唑醇等防治。
:于水稻分蘖盛期即水稻封行前(纹枯病暂未发病或发病初期)，每亩用10%己唑醇40毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水20-30公斤，或在水稻分蘖末期即水稻封行后(纹枯病进入快速扩展期)，每亩用10%己唑醇55毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水30-40公斤趁早晨露水未干时粗雾喷于水稻下部，可有效预防、控制水稻纹枯病的发生。
在水稻分蘖末期至拔节初期，用戊唑醇、拿敌稳丶丙环唑等农药进行喷雾防治。