发病初期可用农抗120，甲基硫菌灵等药剂防治。
防治方法：1.选择抗病品种。2.嫁接栽培。由于西瓜枯萎病病菌难以侵染葫芦、瓠瓜、南瓜等，以这些作物为砧木进行嫁接换根，这种方法是解决西瓜枯萎病的较好途径。3.水旱轮作。西瓜枯萎病病菌在土壤中可存活10年左右，但在水中存活期限只有130多天。因此，水旱轮作是预防枯萎病的有效方法。
选抗病品种，实行轮作，采取科学育苗方法，生物防治和化学防治！
选抗病品种，嫁接栽培，实行水旱轮作，种子可用漂白粉浸泡。
防治西瓜最有效的方法是嫁接换根，用葫芦或新土佐等高抗枯萎病的葫芦科作物做砧木嫁接西瓜品种，只要注意彻底断掉西瓜根，苗子栽植时，不使嫁接口部位与土壤接触，就会有效地防止西瓜枯萎病的发生。对没有嫁接的自根苗西瓜，要坚持“以防为主、综合防治”的植保方针，认真抓好农业防治、生物防治等综合防治措施。
选抗病品种，合理轮作，土壤消毒，生物防治，药剂防治。
用2.5%适乐时悬浮剂200倍液，或30%甲霜恶霉灵600倍液，每株灌药液0.4-0.5公斤。座果初期喷洒10%双效灵水剂200倍液，或高科30%甲霜恶霉灵600倍液，或38%恶霜嘧铜菌酯800倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂800-1000倍液，或40%多硫悬浮剂或40%拌种双粉剂，300倍悬浮液加黄腐酸4000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液加15%粉锈宁可湿性粉剂4000倍液，或用施保克加多菌灵或甲基托布津按9：1混合后1000倍液，防效更好。每隔10天喷1次，连喷2-3次，亩喷60公斤，在晴天下午进行，以防日灼。
可以使用甲基硫菌灵进行防治。
发疬初期选用多菌灵丶甲基硫菌灵丶噻菌灵丶戊唑醇等药剂灌根。