薏苡仁追肥结合中耕除草进行，一般3次。第一次（苗肥）于苗高5~10厘米左右时，每亩施入腐熟的人畜粪尿1000~1200千克，或硫酸铵10~15千克，以促进幼苗生长健壮和分蘖；第二次（穗肥）在苗高40厘米，此时进入孕穗期，每亩追施人畜粪水1500千克，或尿素15千克、过磷酸钙20千克、钾肥（硫酸钾或氯化钾，有利孕穗）10千克，并结合中耕培土，把肥料埋入土中；第三次（粒肥）在基本齐穗之后，为了促进粒重，防止植株早衰，可每亩追施人畜粪尿1500千克或硫酸铵10千克。此时根外追施磷钾肥（浓度为2%左右），对增加粒重，提高产量亦有显著效果。
在薏苡苗期要勤松土除草，一般进行3次。第一次在苗高5~10厘米时结合间苗进行;第二次在苗高30厘米左右，应浅松土，促进分蘖;第三次在苗高40~50厘米，植株封行前进行，此时正值拔节期，应结合追肥进行培土，以促进根系生长和防止植株倒伏。封垄后一般不再松土除草。