苹果腐烂病主要为害结果树的枝干，幼树、苗木及果实也可受害。枝于症状有两类：①溃疡型：多在主干分叉处发生，初期病部为红褐色，略隆起，呈水渍状湿腐，组织松软，病皮易于剥离，有酒糟气味。后期病部失水干缩，下陷，硬化，变为黑褐色，病部表面产生许多小突起，顶破表皮露出黑色小粒点。②枝。
一种表现为树干、枝的树皮上出现红褐色、水渍状、微隆起、呈圆形或长圆形病斑。质地松软，易撕裂，手压凹陷，流出黄褐色汁液，有酒糟味。后干缩，边缘有裂缝，病皮上长出小黑点。潮湿时小黑点喷出金黄色的卷须状物；另一种表现为在枝上出现病斑，边缘不清晰，不隆起，不呈水渍状，失水干枯，树皮干裂，密生小黑粒点。病斑边缘不整齐，大小一般2~3厘米至几十厘米，腐烂，干裂。