西瓜蔓枯病要选用抗病品种，种子、土壤消毒，轮作倒茬，药剂防治。
１）定植时避免地膜紧贴茎秆。当温度高时，热气从地膜开口处涌出，导致茎秆基部湿度加大。所以覆盖地膜时将口留得大些，避免紧贴茎秆，并用土压实，减少发病。２）及时调节棚内温湿度。春季多层覆盖时，棚内湿度偏大，应加大通风力度，降低棚内湿度。西瓜苗期温度不用太高，保持在２２～２５℃，伸蔓期２５～２８℃，结瓜期３０～３５℃。３）选择合适药剂提前防治。未发病前喷施新高脂膜６００倍液，可形成一种高分子物质紧贴植物表面，有保温、保湿、缓释、抑制病毒扩散、驱虫防菌害功能。
选用无病种子，要从远离病株的健康无病植株上采种，对可能带菌的种子，要进行种子消毒，加强栽培管理创造较干燥、通风良好的环境条件，并注意合理施肥，使西瓜植株生长健壮，提高抗病能力，药剂防治。