应加强水肥一体化和病毒病防治。
科学肥水管理，选用对口高效药剂在始穗期和齐穗期喷药防治。
一、农业防治。1、选用高产、抗病、早熟品种。2、留用健康种子。3、选种与种子消毒。4、及时摘除病粒烧毁，深耕翻埋。5、加强栽培管理。适时移栽,合理密植,合理施肥，浅水勤灌,适度晒田；生长后期湿润灌溉。二、生物防治可选用嗜硫小红卵菌HNI-1、解淀粉芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等喷雾防治。三、化学防治可选用碱式硫酸铜、腈苯唑、肟菌·戊唑醇、肟菌酯、井冈霉素、戊唑·嘧菌酯等喷雾防治，注意轮换、交替使用。
水稻稻曲病防治方法40%三环.氟环唑SC杀菌谱广,专业防治水稻稻瘟病,稻曲病,纹枯病,安全性高,节省用药成本.。
首先要选择抗病力强的品种，在施肥时要合理，不要过多的施用氮肥，建议合理使用氮磷钾肥，到了中后期时，可以适当的补充一些微量元素，保障期正常生长。加强田间管理，比如在播种前进行药剂拌种能起到一定的预防效果，其次要做好晒田工作，收获后及时清除病残体。发病时可以使用专用的杀菌剂进行防治，比如井岗霉素、苯醚甲环唑、丙环唑等。
可用对口药物在始穗期和齐穗期进行防治。
稻曲病用井冈霉素，经济实惠，效果有可以。
在农业生产过程中，省工、省时、节本增效的操作模式是农民多年的期望。
水稻稻曲病的防治方法：选用优良抗病品种、合理轮作、种子处理、适时播种？适时移栽、培育壮秧、适时移栽、合理密植、加强肥水管理、抽穗破口前和齐穂期用药预防等。
（1）选用发病轻的品种。（2）避免发病田留种，并要做好种子播种前的消毒处理。（3）防止后期施肥过多。（4）药剂防治：第一次施药适期选在水稻破口前5～7天，第二次则选在破口期。药剂可选择24%井冈霉素A水剂、6%井冈·嘧苷素水剂、40%嘧菌酯可湿性粉剂、75%戊唑·嘧菌酯可湿性粉剂、75%戊唑·嘧菌酯水分散粒剂、75%肟菌·戊唑醇水分散粒剂等。