真菌性病害。猝倒病、立枯病、早疫病、晚疫病、枯黄萎、绵疫病、绵腐病、菌核病、白粉病、灰霉病、叶霉病、炭疽病、白绢病、黑斑病、芝麻斑病、灰斑病、煤霉病、煤污病、酸腐病、根腐病、茎基腐病等。细菌性病害。软腐病、青枯病、溃疡病、髓部坏死、细菌性斑疹病、疮痂病。病毒病。根结线虫。生理性病害。空洞果、畸形果、日灼、脐腐病、筋腐果、裂果、茶色果。虫害主要有。地老虎、蝼蛄、蚜虫，白粉虱，蓟马、美洲斑潜蝇、棉铃虫、烟青虫、苜蓿夜蛾、茄黄斑螟、马铃薯块茎蛾、西红柿木虱、二十八星瓢虫、吸果夜蛾、枯叶夜蛾、跳虫、神泽叶螨、茶黄螨等。
西红柿生长过程中有疫病、炭疽病、灰霉病、青枯病、蚜虫、红蜘蛛、地老虎等病虫害。