在黄瓜病毒病发病初期喷药，常用农药有5%菌毒清可湿性粉剂300倍液，或3%三氮唑核苷水剂500倍液，或0.5%抗毒剂1号水剂250～300倍液，20%毒克星（盐酸吗啉胍·铜）可湿性粉剂500倍液，或20%康润1号可湿性粉剂500倍液，20%病毒丹可湿性粉剂500倍液。及时防治蚜虫。有试验表明，0.5%菇类蛋白多糖水剂300～500倍液对大黄瓜病毒病的防效达65%以上。
加强管理，育苗时用遮阳网降温、遮光，远离带病作物。培育壮苗，及时追肥（施足有机肥，基肥，增施磷、钾肥）、浇水，防止植株早衰。在整枝、绑蔓，摘瓜时要先“健”后“病”，分批作业。接触过病株的手和工具，要用肥皂水洗净或药液处理。清除田间杂草，消灭毒源，切断传播途径。