菜豆根腐病主要为害根部和茎基部，病部产生褐色或黑色斑点，病株易拔出，纵剖病根，维管束呈红褐色，病情扩展后向茎部延伸，主根全部染病后，地上部茎叶萎蔫或枯死。但是这病只要预防和治疗得当，危害是可以减轻。
1、采用深沟高垄、地膜覆盖栽培，生长期合理运用肥水，不能大水漫灌，浇水后及时浅耕、灭草、培土，以促进发根。
2、注意排除田间积水，及时清除田间病株残体，发现病株及时拔除，并向四周撒石灰消毒。
3、土壤处理。苗床消毒可选用95%恶霉灵原药50g/m2或54.5%恶霉·福可湿性粉剂10g/m2或50%苯菌灵可湿性粉剂5g/m270%敌磺钠可溶性粉剂8g/m2了消毒。
4、田间发病后及时防治，发病初期，可采用下列杀菌剂或配方进行防治：5%丙烯酸·恶霉·甲霜水剂800-1000倍液；80%多·福·福锌可湿性粉剂500-700倍液；20%二氯异氰尿酸钠可溶性粉剂400-600倍液；54.5%恶霉·福可湿性粉剂700倍液；20%甲基立枯磷乳油800-1000倍液＋70%敌磺钠可溶性粉剂800倍液；70%福·甲·硫磺可湿性粉剂800-1000倍液；对水灌根，每株灌250ml药液，视病情隔5-7天灌1次。