在一氧化碳中毒后，雏鸡的呼吸系统是最受影响的。一氧化碳具有与血红蛋白亲和力较强的特点，会与血红蛋白结合形成碳氧血红蛋白。这导致血液中氧气的运输受阻，进而引发组织缺氧。在雏鸡体内，这种缺氧会导致呼吸道粘膜和肺组织的损伤，出现充血、水肿等病理变化。
一氧化碳中毒还会对雏鸡的心血管系统产生影响。由于一氧化碳与血红蛋白结合，导致血液中的氧气供应不足，心脏需要更加努力地工作来弥补缺氧的情况。这会导致心脏负荷过重，出现心肌缺血、心肌坏死等病理变化。同时，一氧化碳中毒还会导致血液中的红细胞数量减少，造成贫血的情况。
此外，一氧化碳中毒还会对雏鸡的中枢神经系统产生不可逆的损害。一氧化碳能够穿过血脑屏障，进入大脑，与神经细胞内的线粒体和酶结合，干扰神经细胞的正常功能。这会导致神经细胞的损伤和死亡，引发中枢神经系统的病理变化，如脑水肿、神经炎等。