1、苗期（2—7片真叶）夜温过低。畸形果的出现，根本问题出在番茄花芽的最初形成期，就是花芽分化期。番茄的第1—3穗花芽分化一般在2—7片真叶时就完成了，这个阶段的低夜温容易使光合产物较多地积累到正在分化的生长点上，从而导致分化多心室的畸形花。特别是夜温长期低于8℃就会大量出现畸形花，以后发育生长成畸形果。这些畸形花在开花时很容易识别，表现为豆形、扁子房、粗花柱、多花瓣等。
2、钙、硼不足。在花芽发育、开花及幼果膨大过程中，钙、硼供应不足或偏施铵态氮肥和钾肥导致生理缺钙，使花器发育不良，果实细胞欠佳，加剧了果实的顶裂。
3、点花激素浓度过大。促进坐果使用的激素浓度大，促进果实发育的力量就大，使番茄轻者出现果实尖顶、大花脐，重者出现幼果开裂、漏籽，丧失商品价值。
以上三个原因，苗期（2—7片真叶）夜温过低是根本原因，钙、硼不足可加剧顶裂，而点花激素浓度过大则属于外界人为造成顶裂的最重要因素。