根部缺氧引起的黑心，将根部切开后会发现肉质根木质部变黑，出现很多的黑色小点，不能食用。这时萝卜在田间施用大量的未腐熟或腐熟不好的有机肥引起的，尤其是圈粪，会到土壤中微生物活动旺盛，氧气消耗过大，造成根部窒息，部分组织因缺氧而引起黑心或者黑皮现象。
加强肥水管理。及时预防病虫害。
地势低洼，排水不良，天气久晴突降大雨，夏季高温，多雨以及早播，虫害严重的地块等，都容易发生此病。黑腐病菌可在土壤中存活2–3年，病菌适宜生长的温度为25–30℃，其能生存的最低温度为5℃，最高温度为39℃，耐干燥。
萝卜地长期湿度过大，如低洼地块，或雨后一定时间地面积水，也易造成根部窒息导致缺氧而发生黑皮或黑心。贮藏萝卜时。如窖内存放萝卜过多，而又没有及时通风换气。因萝卜呼吸也会耗氧而造成窖内缺氧，诱发和加重黑心现象。
高温高湿是萝卜病黑心病发病的主要原因。