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西红柿病害种类较多，主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等。主要虫害有蚜虫、温室白粉虱、美洲斑潜蝇、蛴螬、蝼蛄、地老虎。
常见病害主要有猝倒病、茎基腐病、枯萎病、黄萎病、青枯病、细菌性髓部坏死、细菌性溃疡、细菌性疮痂病、灰叶斑病、叶霉病、早疫病、晚疫病、菌核病、灰霉病、绵疫病、牛眼果腐病、炭疽病、疫霉根腐病、茄镰孢根腐病、腐霉根腐病、病毒病等。
