病菌是以菌丝在被害枝干、果实和病僵果上越冬。第二年春温度适宜时，产生分生孢子。分生孢子传播主要靠雨水飞溅，也借风和昆虫传播。因此病果和树上的病枯枝是初侵染源。幼果前期抗扩展，不抗侵染；而后期则相反。此病有潜伏侵染特性，故田间发病较晚，一年内有反复多次再侵染。
苹果炭疽病病原菌属子囊菌亚门，病菌以菌丝体在病果、干枝、果台、僵果及潜皮蛾为害的枝条上越冬。第二年春季，越冬病菌形成分生孢子盘，释放分生孢子，分生孢子借风、雨、昆虫传播，穿透侵入或由皮孔、伤口侵入，一年内分生孢子再侵染多次。
降雨早的年份，5月即开始侵染，感病的品种于6月上中旬开始发病，干旱年份，可能延迟到7月上旬开始发病。一般年份，7-8月进入发病盛期，每次雨后出现一次发病高峰。山东、河北、辽宁一般从7月开始发病，发病盛期在8月。高温、多雨有利于苹果炭疽病流行。