秸秆燃烧产生的浓烟中含有大量的有害气体，严重污染了大气环境。
燃烧秸秆后的滚滚浓烟会对人体的眼睛以及咽喉部位造成刺激，引起咳嗽、流泪。
焚烧秸秆过程中产生高温会对土壤中的有益微生物造成严重危害。
秸秆焚烧时，有可能引起火灾。
秸秆焚烧时的浓烟会降低可见度，有可能引起交通事故。
一、污染大气环境
农作物秸秆中含有氮、磷、钾、碳、氢等元素及有机硫，尤其是刚收割不久的玉米秸秆中含有较多的水分，在不完全燃烧后，会产生大量的一氧化碳、二氧化碳、二氧化硫、氮氧化物、碳氢化合物及烟尘，对大气环境造成严重污染。
二、危害人体健康
农村地区的田地大多分布在农民住地附近，燃烧秸秆后所产生的滚滚浓烟会随着风飘至房屋内，对人体的眼睛、鼻子和咽喉造成刺激，轻则引起咳嗽、胸闷、流泪，严重时可能导致支气管炎发生。
三、破坏土壤结构
焚烧秸秆过程中产生高温，导致耕作层温度升高，会对土壤中的有益微生物造成严重危害。据了解，每焚烧一次秸秆会导致土壤中的有机质含量下降0.2-0.3%，焚烧秸秆过程中，土壤表层（0-5cm）有机质含量平均减少14.56%，土壤全氮含量平均减少4.63%，土壤含水量下降14.68%。
四、火灾隐患
秸秆焚烧时，有可能点燃周边的易燃物品，从而引发火灾。
五、影响交通安全
秸秆焚烧过程中产生了大量的浓烟，导致能见度降低，一旦浓烟飘至铁路、公路附近，会影响到正常的交通秩序以及运营，对交通安全构成潜在威胁。据了解，每年都有因焚烧秸秆引发道路能见度低而导致的交通事故发生。