在缺磷的土壤中适量施用磷肥，能有效提高农作物产量和品质，但若过量施用则有害无益，其主要危害如下：
1、促使植物呼吸过度而消耗营养过多的磷素营养会促使作物呼吸作用大大增强，从而过多消耗作物体内储存的糖分和能量。
2、诱发土壤缺锌过量施用磷酸钙后，会使土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收。玉米白化症、水稻僵苗坐蔸等，据是导致作物缺锌的结果。同时，施磷过多，还会导致作物发育不良。
3、导致植株缺硅缺钼硅对许多作物的生长和高产具有十分积极的作用。例如，喜硅水稻若不能从土壤中吸收到足够的硅元素，会发生茎杆纤细，出现倒伏及抗病能力差等缺硅症状，而水稻缺硅有时就是由于大量施磷造成的。
施用磷肥过量，磷与钼之间常常会发生“强磷弱钼”现象，使作物对磷钼都无法吸收利用。
4、造成土壤中累积有害元素磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质，其中包括镉、铅、氟等有害元素。所以过多施用磷肥会引起土壤中镉的增加，且这种镉有效性高，易被作物吸收从而对人畜造成危害。
一般而言，即使是缺磷土壤，每亩施用量也不能超过40千克，以30~35千克为宜。磷肥后效期长，2~3年施用一次基肥即可。