患病羊总体表现出眼鼻粘液性或脓性分泌物增多、发热、口腔发炎、腹泻、肺炎、肠炎等症状，严重时发生突发性死亡，但临床表现存在不同程度的差异性。
发热，体温可达40~41℃，持续时间为3-8天，吐出恶臭气体，腹泻严重，有时还会出现口腔溃疡；有时表现为支气管肺炎，如羊支原体肺炎；怀孕后的母羊可能会流产。
小反刍兽疫又名羊瘟，以全群发病急，传染快，死亡率高，对羊群及地方羊产业发展危害极大。临床主要体现为：发热、脓眼屎、脓鼻、严重口炎、腹泻。
小反刍兽疫潜伏期为4-5天，最长21天。自然发病仅见于山羊和绵羊。山羊发病严重，绵羊也偶有严重病例发生。一些康复山羊的唇部形成口疮样病变。感染动物临诊症状与牛瘟病牛相似。急性型体温可上升至41℃，并持续3～5天。感染动物烦躁不安，背毛无光，口鼻干燥，食欲减退。流黏液脓性鼻漏，呼出恶臭气体。
病畜體溫突然升高（40~41℃），不安、食慾減退。除眼結膜充血、鼻流漿液、粘液性鼻漏外，常有壞死性口炎（口腔黏膜出現小的紅色的淺表壞死灶，嚴重者波及整個口腔），腹瀉（量多，但不帶血）。病的後期，出現支氣管肺炎症狀，咳嗽，幼畜表現劇烈，發病率高，死亡率高。