防治方法：①选用抗病品种。品种间对本病的抗性有明显差异。目前生产上常用的抗病品种有中单2号、中单14、中单12、辽单18、丹玉13、陕单9号、豫玉2号、豫玉11等。②实行轮作、深耕。连作多年易使土壤中菌量增多，发病重。实行3年以上轮作，基本上可消灭土壤中病源菌的危害。另外，深翻土壤，将病菌孢子压倒播种层以下，以减少菌源，减轻发病。③早期拔出病株。在病穗白膜未破裂之前拔除病株，并把病株拿出地外深埋或烧毁，以免病菌落入土中。
玉米黑穗病防治方法:种植抗病品种；及时摘除病穗或拔除病株；与豆类作物轮作；适期播种，促使种子早发芽，出土快，减少发病；用15%粉锈宁可湿性粉剂1千克拌种200千克，或50%敌克松可湿性粉剂1千克拌种125千克，或50%福美双可湿性粉剂1千克拌种500千克，或12.5%的烯唑醇（速保利）可湿性粉剂1千克拌种330千克。
选用抗病品种清除田间病残体轮作换茬。用福美双或含杀菌成分种衣剂拌种。