主要为害芝麻幼嫩或衰老的组织，多在苗期和开花结果期发病。苗期染病幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点。开花结果期染病从根部开始发病，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部染病主根、支根变褐，剥开皮层可见布满黑色小菌核，致根部枯死。茎部染病多发生在中下部，初呈黄褐色水浸状，后扩展很快绕茎一周，中心有银灰色光泽，其上密生黑色小粒点，表皮下及髓部产生大量小菌核，茎秆中空易折断。病部以上茎秆枯死，蒴果呈黑褐色干枯，病种子上生有小黑点状菌核。
茎点枯病在芝麻播种后染病，引起烂种死苗。出苗后染病，幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点，即分生孢子器和菌核。开花结果期发病，多从根部或茎基部开始，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部感病后，主根和支根逐渐变褐枯萎，皮层内布满黑色小菌核。茎部病斑初呈黄揭色水渍状，与健全组织无明显界线，继而发展为绕茎大斑，并向上蔓延，病斑呈黑褐色、中部银灰色、有光泽，密生针尖大的小黑点。病株叶片自下而上呈卷缩萎蔫状，黑褐色，不脱落，植株顶端弯曲下垂。蒴果感病后呈黑揭色枯死状。病种上生出许多小黑点。病株较健株矮小，严重发病时全株干枯，髓部被蚀中空，仅剩纤维，易折断。
芝麻茎点枯病又名黑杆病、茎腐病或黑根病，主要发生在苗期和生长后期。苗期症状：根部变褐腐烂，地上茎叶萎焉枯死，在茎秆上可见众多小黑点。开花结蒴期症状：大多先从根部发病，由下向上扩展蔓延，根部感病后在主根、侧根上有大量黑褐色菌核，致使根部逐渐枯死。