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花生根腐病的危害是使花生减产或绝产。
苗期受害引致根腐、苗枯；成株期受害引致根腐、茎基腐和荚腐，病株地上部表现矮小、生长不良、叶片变黄，终致全株枯萎。由于本病发病部位主要在根部及维管束，使病株根变褐腐烂，维管束变褐，主根皱缩干腐，形似老鼠尾状，患部表面有黄白色至淡红色霉层（病菌的分生孢子梗及分生孢子）。
