病菌以厚垣孢子附在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，厚垣孢子先产生先菌丝，其顶端生6—8个线状担孢子，不同性别担孢子在先菌丝上呈H状结合，然后萌发为较细的双核侵染线。从芽鞘侵入麦苗并到达生长点，后以菌丝体形态随小麦而发育，到孕穗期，侵入子房，破坏花器，抽穗时在麦粒内形成菌瘿即病原菌的厚垣孢子。小麦腥黑穗病菌的厚垣孢子能在水中萌发，有机肥浸出液对其萌发有刺激作用。萌发适温16—20℃。病菌侵入麦苗温度5—20℃，最适9—12℃。湿润土壤(土壤持水量40%以下)有利于孢子萌发和侵染。一般播种较深，不利于麦苗出土，增加病菌侵染机会，病害加重发生。
黑星病病菌主要在枝条溃疡斑或芽鳞内越冬，在翌年遇雨后产生孢子开始释放，夏季多雨时释放最多，借风雨传至果树叶面，侵入组织，在花蕾开放与花瓣脱落期最易受侵染，病菌可不断侵染，早春多雨气温低发病早，病重。在夏季阴雨连续，地势低洼，通风不良，湿度大的果园最容易发病。
小麦脱粒时，病粒破裂，病菌抱予飞散，粘附在种子表面，是传病的主要途径。有些地区用混有病菌的麦糠、麦秸、淘麦水等沤粪或喂牲口，使粪肥中带有病菌，施人麦地，可以传病。在个别寒冷干燥的地区，落在土中的病菌袍子存活时间较长，也可传病。
病菌以厚垣孢子附在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，厚垣孢子先产生先菌丝，其顶端生6—8个线状担孢子，不同性别担孢子在先菌丝上呈H状结合，然后萌发为较细的双核侵染线。
病菌以厚垣孢子附在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，厚垣孢子先产生先菌丝，其顶端生6—8个线状担孢子，不同性别担孢子在先菌丝上呈H状结合，然后萌发为较细的双核侵染线。从芽鞘侵入麦苗并到达生长点，后以菌丝体形态随小麦而发育，到孕穗期，侵入子房，破坏花器，抽穗时在麦粒内形成菌瘿即病原菌的厚垣孢子。
小麦腥黑穗病菌主要为土传病害，但混杂于小麦籽粒间的黑粉菌粒及其碎块及种子上的冬孢子是病菌远距离传播的重要途径。伴随小麦传播的病原冬孢子，一旦落入田地，即重新备具了其固有的土传特性。
小麦腥黑穗病和矮腥黑穗病又称腥乌麦、黑麦、黑疸。病症主要有穗部，一般病株较矮，分蘖较多，病穗稍短且直，颜色较深，初为灰绿，后为灰黄。颖壳麦芒外张，露出部分病粒（菌瘿）。病粒较健粒短粗，初为暗绿，后变灰黑，包外一层灰包膜，内部充满黑色粉末（病菌厚垣孢子），破裂散出含有三甲胺鱼腥味的气体，故称腥黑穗病。