苹果炭疽病是由真菌引起的。病菌以菌丝在病僵果、干枯枝、果台及潜皮蛾为害的枝上越冬，次年春季遇有适宜的温湿度条件，即可产生分生孢子，成为初侵染源。
一般苹果座果期开始侵染，果实迅速膨大期是侵染高峰，8月以后侵染量减少。也是幼果期侵染多，成熟期侵染少，幼果期发病少，成熟期发病多，也具有潜伏侵染的特性。其潜伏期较短，一般为5~50天，发病期较长，发病较早，一般7月份开始发病。
病菌从幼果期至成果期均可侵染果实，但前期发生侵染的病菌由于幼果抗病力较强而处于潜伏状态，不能造成果实发病，待果实近成熟期后抗病力降低才导致发病，该病具有明显的潜伏侵染现象。近成熟果实发病后产生的病菌孢子（粉红色黏液）可再次侵染为害果实，该病在田间有多次再侵染。尤其在7、8月份高温、高湿条件下，病菌繁殖快，传染迅速，即雨水越多、降雨时间越长，发病率越高。晚秋气温降低时发病减少，但感病果实仍继续发病。