第一，用25%的粉锈宁或羟锈宁，按0.3%剂量拌种，防治效果可达90%左右。也可用玉米糊作粘着剂增加药效。第二，用70%五氯硝基苯做成含药量不超过0.7%的药土，播种时覆种效果较好。第三，利用种子衣剂防病。目前生产上有多种种子包衣剂，可有效地防治病虫害。据吉林省四平市农业科学研究所报道，玉米种子包衣处理后，对丝黑穗病的防治效果可达63.3%-87.3%。
用15%或25%可湿性粉剂和20%乳油拌种。处理玉米种子量可按种子100千克用有效成分80－100克。以25%为例，即种子100千克用商品药量320－400可。
可用睛菌唑600倍或代森锰锌500倍液防治。
玉米丝黑穗病主要是通过种子包衣、拌种来防治，发生了没有比较有效的防治措施。也可采取轮作倒茬预防。