马铃薯收获后有明显的生理休眠期。一般有2～4个月，因品种不同而异。一般而言晚熟品种休眠期短，早熟品种休眠期长。
成熟度不同休眠期长短也有不同，在生长中期采收的尚未成熟的马铃薯块茎，休眠期比大小相等但在成熟期采收的长。贮藏温度也影响休眠期的长短，在较适低温条件下贮藏的薯块休眠期长，特别是贮藏初期的低温对延长休眠期十分有利。一般认为贮藏温度3～5℃为宜，贮藏的适宜相对湿度为80％～85％，湿度过高易增加腐烂，而过低失水增大，损耗增多。光能促使马铃薯萌芽，增高薯块内茄碱苷含量。食用后对人畜有毒害作用，因此贮藏马铃薯时应采取避光措施。