该菌主要以冬孢子在土壤中越冬，有些则混入粪肥或粘附在种子表面越冬。土壤带菌是最主要的初次侵染来源，种子带菌则是病害远距离传播的主要途径。冬孢子在土壤中能存活2～3年。冬孢子在玉米雌穗吐丝期开始成熟，且大量落到土壤中，部分则落到种子上。冬孢子萌发产生有分隔的担孢子，担孢子萌发生成侵染丝，从胚芽或胚根侵入，并很快扩展到茎部且沿生长点生长。花芽开始分化时，菌丝则进入花器原始体，侵入雌穗和雄穗，最后破坏雄花和雌花。病菌在土壤、粪肥或种子上越冬，成为翌年初侵染源。种子带菌是远距离传播的主要途径。
在种植感病寄主和土壤有足够菌量时，播种后至幼苗4－5叶期土壤的温湿度成为病菌侵染多少的决定因素，因此春播、早播、土壤偏干和冷凉山区发病重。品种抗性有明显差异。长期连作感病品种，由于增加土壤菌量，可加重病害的流行。
系统性侵染病害，抽穗后出现典型症状。病果穗短小，不吐花丝，除苞叶外整个果穗都变成一包黑粉，为病菌的冬孢子。黑粉飞散后露出丝状寄主维管束组织。
病菌以分生孢子盘或菌丝块在病残体上越冬。翌年产生分生孢子借风雨传播，进行初侵染和再侵染。早期主要为害叶片。病斑梭形至近梭形，中央浅褐色，四周深褐色。
玉米丝黑穗病病菌以散落在土中、混入粪肥或黏附在种子表面的冬孢子越冬，成为翌年的初侵染源，其中土壤带菌在侵染循环中最为重要。冬孢子在土壤中能存活2-3年，结块的冬孢子比分散的存活时间更长。种子带菌是远距离传播的重要途径，但田间传病作用显著低于土壤和粪肥。玉米在3叶期以前是病菌的主要侵染时期，7叶后病菌不再侵染玉米。
玉米丝黑穗病菌以冬孢子散落在土壤中、混入粪肥里或沾附在种子表面越冬。冬孢子在土壤中能存活2～3年，甚至7～8年。种子带菌是病害远距离传播的重要途径，尤其对于新区，带菌种子是重要的第一次传播来源。带菌的粪肥也是重要的侵染来源，冬孢子通过牲畜消化道后不能完全死亡。
幼苗期侵入是系统侵染病害。玉米播后发芽时，越冬的厚垣孢子也开始发芽，从玉米的白尖期至4叶期都可侵入，并到达生长点，随玉米植株生长发育，进入花芽和穗部，形成大量黑粉，成为丝黑穗，产生大量冬孢子越冬。玉米连作时间长及早播玉米发病较重；高寒冷凉地块易发病。沙壤地发病轻。旱地墒情好的发病轻；墒情差的发病重。
玉米丝黑穗病是由气流传播的。玉米丝黑穗病的传播途径主要是种子。种子表面带菌或土壤肥料中带菌均可传播。该菌主要以冬孢子在土壤中越冬，有些则混入粪肥或粘附在种子表面越冬。土壤带菌是最主要的初次侵染来源，种子带菌则是病害远距离传播的主要途径。