(一)选用优良抗病品种。选用抗病品种是解决该病的根本性措施。一般双亲抗病，杂种一代也抗病，双亲感病，杂种一代也感病。所以在抗病育种工作中，应选择优良抗病自交系作亲本，以获得抗病的后代。抗病的杂交种有丹玉13、掖单14、豫玉28等。(二)播前种子处理。用药剂处理种子是综合防治中不可忽视的重要环节。方法有拌种浸种和种衣剂处理三种。
药剂防治：近年来随着种衣剂的研制与应用，使玉米丝黑穗病得到有效控制，如8.6%戊唑·福美双悬浮种衣剂172-215克/100千克种子、6%戊唑醇悬浮种衣剂8～12g/100千克种子、60克/升戊唑醇种子处理悬浮剂6-12克/100千克种子、28%灭菌唑悬浮种衣剂28-56克/100千克种子、10%甲·戊·嘧菌酯悬浮种衣剂20-40克/100千克种子、10%精甲·戊·嘧菌悬浮种衣剂20-30克/100千克种子等进行玉米种子包衣。但要严格按照包衣剂量的要求，若超过安全剂量，遇到低温天气会造成药害。
防治方法种植抗病品种；及时摘除病穗或拔除病株；与豆类作物轮作；适期播种，促使种子早发芽，出土快，减少发病；用15%粉锈宁可湿性粉剂1千克拌种200千克，或50%敌克松可湿性粉剂1千克拌种125千克，或50%福美双可湿性粉剂1千克拌种500千克，或12.5%的烯唑醇（速保利）可湿性粉剂1千克拌种330千克。