苗期为害叶、茎、顶芽，发病初子叶先端变黄，后扩展到幼茎，缢缩变细，常自病部折倒而死。成株期为害叶、花、果实。
主要为害幼果和叶片。病菌从残留花瓣侵入，致花瓣腐烂，果蒂发病后扩展致果面，呈水浸状病斑；叶片边缘呈“V”字型褐色病斑向内扩展。湿度大时病部有灰色霉层。
苗期为害叶、茎、顶芽，发病初子叶先端变黄，后扩展到幼茎，缢缩变细，常自病部折倒而死。成株期为害叶、花、果实。叶片受害多从叶尖开始，初成淡黄褐色病，逐渐向上扩展成“V”形病。茎部发病产生水渍状病，病部以上枯死。花器受害，花瓣萎焉。果实被害，多从幼果与花瓣粘连处开始，呈水渍状病，扩展后引起全果褐。
辣椒灰霉病的发病原因是很多。