种子包衣可预防玉米丝黑穗病。
种植抗病品种，合理轮作倒茬，应用杀菌剂种子包衣等。
在病穗白膜末破裂前拔除病株，特别对抽雄迟的植株注意检查，连续拔几次，并把病株携出田外，深埋或烧毁。对苗期表现症状的品种或杂交种，更应结合间苗完苗拔除。拔除病苗应做到坚持把“三关”即苗期剔除病苗，怪苗，可疑苗；拔节、抽雄前拔除病苗；抽雄后继续拔除，彻底扫残，并对病株进行认真处理。
可以打敌敌畏连续三天左右最好。
选择抗病品种，种子包衣和用药剂防治。
种子包衣，合理轮作，病株拿出地外深埋。
主要有以下防治方法：选育抗病品种；药物拌种；及时摘除病穗或拔除病株；与豆类作物轮作；适期播种，促使种子早发芽，出土快，减少发病；用15%粉锈宁可湿性粉剂1千克拌种200千克，或50%敌克松可湿性粉剂1千克拌种125千克，或50%福美双可湿性粉剂1千克拌种500千克，或12.5%的烯唑醇（速保利）可湿性粉剂1千克拌种330千克。