小麦根腐病易防难治，应以预防为主，用400g/L萎锈灵·福美双种衣剂或3%苯醚甲环唑种衣剂拌种来防治，这是最经济有效的防治手段。
采取以种植抗病品种和栽培防病为主,辅以药剂防治的综合措施。①选育抗病品种。②加强栽培防病措施。控制苗期病害的关键是适时播种,施足基肥,及时追肥,覆土不宜过深,麦田不连作。③药剂拌种。用25%粉锈宁或50%福美双或50%扑海因可湿性粉剂拌种,用量为种子重量的0.2%。④药剂防治。重病年及时喷药保护,第一次在小麦扬花期,第二次在小麦乳熟初期,药剂有25%三唑酮和50%福美双可湿性粉剂。